人類尚未進入工業時代前，多數農林漁牧產品可以說是屬於未使用非天然物質的生產方式。但實際上於現今多數有機農業標準中，仍排除或限制或是需有紀錄監控部分天然物質或方法使用的能力: 比如人類的排泄物以及新鮮的動物排泄物等可能會導致人畜共通傳染病病源擴散的物質。或是硫酸銅等天然存在但是必須嚴格監控土地累計使用量避免殘留的物質。以及對天然非抗特定病蟲害的物質或方法，比如魚藤等的使用必須監控對當地生態特別是下游水生生物的影響。針對被動的相關誘捕措施包含捕蠅紙及夜間燈光、荷爾蒙或其他吸引物質的誘捕瓶等，也需要對當地生物的影響進行評估紀錄與使用。而天敵生物引進更是需要注意相應的當地原生相近生物是否也會被捕食或感染。

Sir Albert Howard 先生（ 1873-1947年）是英國植物學家，一個有機農業的先驅，早期的有機運動的關鍵人物。他通常被稱為現代有機農業的教父。

1924年，德國人魯道夫·斯坦納的著作《農業革新的精神基礎》中也提出有機農法，但時值工業製造業蓬勃發展，農藥和化肥能減少農業生產投入的人力，所以不被世人所接受。直至1970年代出現能源危機，農地因過度使用農藥化肥而產生貧脊現象，有機農業才受到各國政府所重視。如今原油價格即將突破100美元大關，民眾對於環境保護、飲食健康的觀念又日以遽增，有機農業逐漸變成世界各主要先進國家的先進觀念。

有機運動始於農業科學家與農夫對於農業工業化的反省。生物化學（氮肥）與工程學（農業機械）在二十世紀初期的進展導致了農業的重大改變。耕地規模化，使得耕種變得更專業，講求有效率地運用機械並收割綠色革命的成果。二次大戰期間的科技進展，於戰後在農業的所有層面造成重大革新，導致諸如大規模灌溉，肥料和農藥使用等的進步。軍火所用的硝酸銨成為大量且便宜的氮的來源。DDT，原本是以軍事目的研發用來控制軍隊中的致病昆蟲，被運用在農作物上，開啟了農藥廣泛使用的時代。

《生命土壤》的作者伊芙·貝爾福於1939年在她的Suffolk農田創立了劃時代的Haughley 實驗，運作了超過四十年。

有機農業作為專有名詞，最早由Lord Northbourne開始使用，是從他的「有機農田」（the farm as organism）的觀念衍生而來。在他的1940年著作《看向土地》，描述了一種整體的、生態平衡的農業模式。

英國植物學家，艾伯特·霍華，研究了印度的傳統農業模式。他開始認為這種模式比起現代的農業科學更為先進，並在他的1940年的著作，《一個農業的試驗》，記錄下來這些想法；並於1947年在他的《土壤與健康：有機農業研究》這本書裡採用了Northbourne發明的詞彙。

美國的1940年代，J.I. Rodale引領了有機園藝的流行。

1972年，國際有機農業運動聯盟在法國的Versailles發起。IFOAM致力於散播有機農業的理念與實務，跨越國家與語言的藩籬。

1980年，世界上許多農業與消費者團體開始要求政府規範有機生產，導致了1990年代開始立法並制定認証標準。

從1990年代早期，已開發國家的有機農業市場每年成長20%，主因是消費者需求的上揚。當小型獨立生產者和消費者促成了有機農業的興起，有機產品的量與種類也同步增加，使得相關生產大幅成長